מינהל ביטחון וחירום מקיים קשרי עבודה רציפים עם כלל גורמי החירום הלאומיים בישראל: ראשות החירום הלאומית, פיקוד העורף, משטרה וכיבוי אש, כמו גם משרדי הממשלה: המשרד לביטחון הפנים, משרדי הפנים, החינוך, הביטחון וצה"ל.

המינהל יוזם ומקיים עבודה משותפת עם הקב"טים ברשויות המקומיות סביב סוגיות הנוגעות בביטחון השוטף, ליווי והכנת הרשויות בזמני חירום ואבטחת מוסדות החינוך.

בנוסף, מתקיימת פעילות הכוללת השתתפות וייצוג המרכז בדיונים מקצועיים עם כלל ארגוני החירום, דיונים בכנסת, קיום כנסים מקצועיים, סיורים ברשויות והשתתפות בתרגילים לאומיים.