מחלקת איכות הסביבה אמונה על קידום יוזמות ותכניות לשיפור השמירה על איכות הסביבה, מניעת זיהום אויר, טיפול בפסולת ועוד. המחלקה אמונה על יישום תכניות סביבתיות המשותפות למשרדי ממשלה ולמרכז השלטון המקומי; ייצוג הרשויות בתחום החקיקה הסביבתית; סיוע ביישום החוקים והחובות החלים על הרשויות והפצת מידע בנושאים סביבתיים ומרכזת פעילות פורומים רלוונטיים כגון פורום רשויות החוף.